Peraturan Rektor Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, diusulkan oleh pemegang kebijakan di tingkat Universitas kepada Rektor Universitas Muhammadiyah Yogyakarta , antara lain :
- Wakil Rektor Bidang Akademik;
- Wakil Rektor Bidang Sumber Daya Manusia;
- Wakil Rektor Bidang Keuangan dan Aset;
- Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan dan Alumni;
- Wakil Rektor Bidang Kerjasama dan Internasional.